Фамилия Войтекунас — редкий для России пример литовской модели фамилии с суффиксом -унас. Она образована от имени Войтек, которое является западнославянским вариантом имени Войцех. Войцех, в свою очередь, сложено из двух древних корней: «вой» (воин) и «тех/цех» (утешение, радость). Таким образом, имя Войцех означает «утешение воина» или «тот, кто радует войско». В польской традиции это имя стало широко известно благодаря святому Войцеху (Адальберту Пражскому), покровителю Чехии, Польши и Венгрии. В Литве, веками связанной с Польшей, имя Войтек вошло в обиход, а суффикс -унас (литовский аналог русского -ов или -ин) закрепил его как фамилию: Войтекунас — буквально «сын Войтека» или «принадлежащий Войтеку».

В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), литовские фамилии на -унас (или -юнас) выполняют ту же роль, но в рамках иной грамматической системы. Фамилия Войтекунас — типичный пример так называемой патронимической модели, распространённой в северо-восточной Литве и в исторической Жемайтии. Если бы носитель фамилии жил в Польше, он, скорее всего, звался бы Войтекович или Войтецкий.

Географически фамилия Войтекунас почти наверняка происходит из Литвы или из приграничных районов современной Беларуси, где исторически было сильно литовское и польское влияние. В России эта фамилия встречается крайне редко, и её носители — потомки литовцев, переселившихся в имперский период (например, после подавления восстаний 1830–1831 и 1863–1864 годов, когда литовцев ссылали в Сибирь и Поволжье). В самой Литве фамилия Войтекунас (лит. Vaitekūnas) существует в нескольких орфографических вариантах, что связано с разной передачей литовских букв кириллицей.

С точки зрения сословной принадлежности, носитель такой фамилии мог быть крестьянином или мелким шляхтичем. Литовская шляхта часто носила фамилии на -ич, -ский, -цкий, но патронимы на -унас встречались и среди простого люда. Однозначно определить социальный статус предка по одной фамилии невозможно — для этого нужны архивные записи конкретной семьи. Споров о происхождении корня здесь нет: все версии сходятся на имени Войтек, а разногласия касаются лишь степени полонизации или литуанизации исходного имени.