Фамилия Войтенко — одна из тех, что напрямую отсылает к военному делу, но её происхождение не такое прямолинейное, как может показаться. Вопреки бытовой логике, в основе лежит не слово «воин», а западнорусское и украинское «войт» (или «війт») — так называли сельского старосту, выборного главу общины, иногда — судью. Войтёнок — это буквально «сын войта», «маленький войт». От этой уменьшительной формы и пошла фамилия.

Распространённый суффикс -енко (как в Бондаренко, Коваленко) указывает на типичную украинскую модель образования фамилий по отчеству. Он закрепился на Левобережной Украине, в Слобожанщине и на юге России в XVII–XIX веках. Поэтому географически Войтенко — фамилия прежде всего украинского ареала, хотя сейчас встречается повсеместно.

Версия, что фамилия произошла от прозвища «Войтюк» (производного от «воин»), имеет право на существование, но менее убедительна с точки зрения словообразования. Суффикс -юк (как в Ковальчук, Шевчук) тоже характерен для украинских фамилий, но он образует именования по сыну или ученику, а не по качеству. Если бы предок был просто воином, его бы скорее назвали Воинов (с русским суффиксом) или Войченко (с украинским). Вариант «Войтюк» встречается реже и чаще всего связан именно с должностью войта, а не с войной.

Таким образом, носитель фамилии Войтенко — потомок человека, которого в своей общине называли Войтёнком: либо сына старосты, либо человека, чем-то напоминавшего войта (например, властного или справедливого). Со временем прозвище утратило уменьшительный оттенок и стало родовым именем.