Прозвище Войта восходит к нарицательному "войт". Скорее всего, основатель рода Войтиных занимал одну из этих должностей. По другой версии, эта фамилия образована от польского имени Войцех (Wojciech - «воин»), не имеющего аналогов в русском языке, однако его варианты есть в других славянских языках (например, в чешском — Войтек). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Войта, со временем получил фамилию Войтин.