Фамилия Войтинин довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с личным именем или прозвищем. В основе лежит имя Войтин, которое является производной формой от канонического имени Войтех или от древнерусского нецерковного имени Войт (встречается в старых грамотах XV–XVI веков). Само слово «войт» в польском, украинском и белорусском языках означало сельского старосту, выборного главу общины или судью. Таким образом, Войтинин — буквально «сын Войтина» или «потомок того, кого звали Войт».

Образована фамилия по стандартной модели с суффиксом -ин, который в русском языке присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я (Войти — Войтин — Войтинин). Это указывает на то, что предок носителя фамилии был человеком, которого в быту называли Войта, Войтя или Войтин. Суффикс -ин в таких фамилиях изначально был притяжательным и отвечал на вопрос «чей?»: чей сын? — Войтинин.

Географически фамилия тяготеет к северо-западным русским землям и регионам, граничащим с Белоруссией. В переписях XVII–XVIII веков носители фамилии Войтинины фиксировались в Новгородской и Псковской губерниях, что косвенно подтверждает западнорусское происхождение корня. Войты там назначались или выбирались для управления крестьянскими общинами, так что предок мог быть не просто крестьянином, а лицом с административными полномочиями.

Стоит отметить, что фамилия сохранила ударение на втором слоге — ВойтИнин, что типично для притяжательных прилагательных с суффиксом -ин. Встречается также вариант написания через «я» — Вайтинин, но это уже следствие диалектного аканья и орфографических ошибок при записи в метрических книгах. Родственные фамилии — Войтов, Войтехов, Войтко — образованы от того же корня, но с разными суффиксами.