Фамилия Вайтекунас — один из тех случаев, когда географическая привязка решает всё. Это не русская и не польская фамилия в привычном понимании, а типично литовская по форме, хотя её основа уходит корнями в белорусскую и немецкую языковую среду. Суффикс «-ас» (в родительном падеже «-о») — характерный признак литовской модели фамилий, указывающий на принадлежность: Вайтекунас буквально означает «сын Вайтекуна» или «из рода Вайтекунов». То есть перед нами патроним, который застыл в форме фамилии.

В основе лежит белорусское прозвище Вайтекун. Оно, в свою очередь, ведет начало от слова «войт» — заимствования из немецкого языка (ср. нем. Vogt — управляющий, староста). В Великом княжестве Литовском, где белорусские и литовские земли веками сосуществовали в одном государстве, войтом называли выборное или назначаемое лицо, которое управляло городом, селом или отдельным округом. Войт выполнял административные, судебные и фискальные функции — был и судьей, и сборщиком налогов, и представителем власти на местах.

Прозвище Вайтекун, таким образом, относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека. Вайтекуном могли прозвать либо самого войта, либо его сына или помощника, либо человека, который служил при войте. Уменьшительно-ласкательный суффикс «-ун» в белорусском языке (ср. «ласун» — сладкоежка, «маўчун» — молчун) придавал прозвищу оттенок либо привычного действия, либо принадлежности: «тот, кто при войте», «войтов человек».

Фамилия Вайтекунас распространена почти исключительно в Литве и среди литовской диаспоры. Встречается она и в пограничных районах Беларуси, где исторически было сильное литовское влияние. Сословной привилегированности у этой фамилии нет: войтами могли быть как шляхтичи, так и зажиточные крестьяне или мещане, поэтому предки носителей фамилии могли принадлежать к разным социальным слоям.