Фамилия Вайтусина — женская форма, а её мужской вариант — Вайтусин. Это отчество, образованное от прозвища или имени Вайтус. В русских фамилиях суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Вайтусин», то есть сын Вайтуса.

Ключевой вопрос — происхождение основы. Самая вероятная версия: Вайтус — это адаптация крестильного имени Вит (Витус). В латинском календаре святой Вит (Sanctus Vitus) почитался как один из Четырнадцати святых помощников. Имя было распространено у католиков, а в православной традиции встречалось реже, в форме Вит. В белорусском и украинском языках, где сильнее польское влияние, имя Віт (Вит) могло дать фамилии Витус, Вайтус. Переход «и» в «ай» — диалектная черта, характерная для западных говоров: «Вит» → «Вайт», как «Михайла» от «Михаил».

Возможна и вторая версия, менее вероятная: Вайтус — от литовского слова «vaitas» (войт, сельский староста). В литовских и пограничных с Литвой белорусских землях фамилии на -ус (Вайтус, Бальтрушайтис) — типичное явление. Если предок был войтом, его могли прозвать Вайтус, а потомков — Вайтусиными. Но в таком случае фамилия скорее писалась бы через «о» (Войтус), а не через «а».

Географически фамилия Вайтусина встречается в основном на западе Беларуси, в Смоленской и Брянской областях России, а также среди потомков переселенцев из этих регионов в Сибири. Встречаемость низкая, что говорит о локальном происхождении — фамилия не вышла за пределы небольшого ареала.

Других версий, например, от финно-угорских корней или от названия реки, нет — это искусственные построения без лингвистической опоры. Фамилия Вайтусина — это, скорее всего, «сын Вита», но записанный по слуху в западной диалектной манере.