Фамилия Вдонин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если не знать нескольких деталей, её легко принять за вариант фамилии Вдовин, где буква «д» просто «проглочена» в произношении. Однако это разные фамилии, и у Вдонина своя логика.

В основе фамилии лежит нецерковное мужское имя или прозвище Вдоня. Такие имена образовывались от глагола «вдонить» — в некоторых южнорусских и украинских говорах это означало «вонять, издавать дурной запах». Прозвище давали человеку с неопрятным внешним видом или работающему с пахучими веществами — кожевнику, красильщику, сапожнику, который вымачивал шкуры. В старину такие прозвища не считались оскорбительными, а были бытовой характеристикой, как Нос, Кривой или Молчун.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вдонин — «сын Вдони» или «человек из семьи Вдони». Модель образования типична для северных и центральных областей России, где отчество на -ин было основным способом формирования фамилий. В южных регионах чаще использовали суффикс -ов, поэтому фамилия Вдонин скорее всего родом из Вологодчины, Костромской земли или Поволжья.

Есть и другая версия, менее вероятная. В некоторых говорах «вдонить» означало «вдувать, надувать» — например, раздувать меха в кузнице. Тогда прозвище Вдоня мог получить подмастерье кузнеца, работающий с мехами. Но эта гипотеза держится на единичных диалектных записях, в то время как значение «вонять» фиксируется в словарях русских говоров шире.

Фамилия Вдонин не встречается в дворянских родословных книгах и не фиксируется в крупных исторических переписях XVII века — это поздняя крестьянская или мещанская фамилия. В современной России она крайне редка, несколько носителей живут в Нижегородской и Кировской областях.