Фамилия Вдонина — женская форма фамилии Вдонин, и её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем, а не с церковным именем. Основа «вдон» звучит необычно, но в ней легко угадывается диалектная черта: падение начальной гласной. Перед нами, вероятно, вариант прозвища Одон или Водон, которое в северных и южных говорах могло произноситься без первого звука.

Самая прямая версия ведёт к слову «одонье» или «одонок» — так в русских диалектах называли кладь сена, стог, а также место, где ставят скирды. Человек, которого прозвали Вдоном или Одоном, мог иметь отношение к сенокосу, быть крестьянином, работающим с сеном, или же получить прозвище за дородность, схожую с большим стогом. Фамилии на -ин традиционно образовывались от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я: Вдоня → сын Вдони → Вдонин. Соответственно, Вдонина — «дочь (или жена) Вдони».

Менее вероятна, но допустима связь с гидронимом Вдон — так могла называться небольшая речка или ручей. В этом случае фамилия указывала бы на место жительства предка: «живущий на реке Вдон». Однако такая версия требует документального подтверждения конкретного топонима, которого в широко известных источниках нет.

Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному роду, а сама фамилия относится к древнему пласту русских прозвищных фамилий, характерных для крестьянской среды центральных и северных губерний. Встречаемость фамилии Вдонин/Вдонина невысока, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, из одного или нескольких соседних сёл.