Фамилия Веденисов образована от имени Веденис — одной из народных форм латинского имени Бенедикт. Это имя означает «благословенный»; по другой версии — «тот, о ком хорошо говорят». В славянской традиции окончание -икт в полной церковной форме Венедикт под влиянием привычных имён вроде Денис и Борис упростилось до -ис, так и появилось имя Веденис. Одним из покровителей имени считается святой Бенедикт, которого называют «отцом западного монашества».

Фамилия строится по стандартной русской патронимической модели: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Ведениса». Такой способ образования фамилий был особенно распространён в XVI–XVII веках среди крестьян и служилых людей, когда отчество закреплялось за потомками как наследственное родовое имя. Встречается и параллельная форма Веденикин — от уменьшительного Веденика, но Веденисов остаётся основным вариантом.

Интересная деталь: в некоторых говорах имя Веденис произносили с ударением на первый слог — Ве́денис, что могло дать фамилию Веденисов с тем же ударением. Однако в современном русском языке фамилия чаще всего звучит с ударением на третий слог: Ведени́сов. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — Вологодчине, Костромской и Ярославской губерниям, где имя Веденис фиксируется в документах XVII века.