Фамилия Вефаев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На слух она кажется тюркской или кавказской, но её морфология — суффикс -ев — указывает на русскую модель образования от имени или прозвища, оканчивающегося на мягкий согласный. Если бы основа звучала как «Вефай», появился бы суффикс -ай, но здесь мы видим именно адаптацию восточного корня под русскую фамильную форму.

Вероятнее всего, фамилия образована от личного имени Вефа. Это имя имеет арабские корни: «вафа» (وفاء) означает «верность», «преданность», «исполнение обещания». В тюркских языках (татарском, башкирском, азербайджанском) имя Вефа или Вафа встречается как мужское, реже женское. Таким образом, родоначальник Вефаевых мог быть человеком по имени Вефа, которого в документах записали по-русски: «Вефаев сын» — то есть сын Вефы.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Вефай, которое в русской среде переделали в Вефаев. Но тогда логичнее было бы ожидать форму Вефаев с ударением на второй слог, а не на первый. В любом случае, основа не славянская: ни в древнерусских, ни в диалектных словарях слова «вефа» не зафиксировано.

Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале — в среде татарских и башкирских родов, которые в XIX веке получали русские фамилии при переписях. Иногда её путают с фамилией Вефаев, где буква «ф» может быть следствием окающего произношения (Вефаев вместо Вепаев). Но в целом это редкая фамилия, не попавшая в массовые справочники. Известных носителей, оставивших след в истории, пока не выявлено.