Фамилия Векенцева — женская форма фамилии Векенцев, и её редкость сразу бросается в глаза. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, эта образована с помощью суффикса -ев-, что указывает на основу, заканчивающуюся на мягкий согласный или шипящий. Но главная загадка — корень «Векенц-».

Самый вероятный источник — прозвище или неканоническое имя Векенца. В русских говорах, особенно на северо-западе и в бывших новгородских землях, слово «векенца» могло означать «веко» (крышка глаза) или, в переносном смысле, человека с прищуром, сонливым взглядом. Однако более правдоподобна связь с диалектным глаголом «векенуть» — ударить, стукнуть. Тогда Векенца — это прозвище драчуна или человека с резкими, порывистыми движениями. В словаре В. И. Даля зафиксировано слово «векша» (белка), но «векенца» — явно местное, редкое образование.

Суффикс -ец- в основе (Векен-ец) типичен для прозвищ, обозначающих человека по характерному действию или внешности. Сравните: гуляка — Гуляевец, драчун — Драчевец. Таким образом, Векенцев — это буквально «сын Векенца» или «потомок того, кого прозвали Векенцой».

Географически фамилия тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, а также к Вятке. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с похожими основами (Векшин, Веков), но именно форма Векенцев фиксируется позже, в основном в среде государственных крестьян и мещан. Никакого отношения к знати или духовенству фамилия не имеет — это чисто народное, «говорящее» прозвище, закрепившееся в документах.

Если рассматривать альтернативную версию, что в основе лежит немецкое имя Wenzel (Венцель) или польское Więk, то переход в «Векенца» маловероятен: для этого потребовалось бы сразу несколько фонетических сдвигов, которые не подтверждаются диалектами. Поэтому версия с русским прозвищем остаётся основной.