Фамилия Верхейден — редкий для России случай, когда географическое прозвище сохранилось почти без изменений. В основе лежит нидерландское toponiem: van der Heijden или Verheijden. Первая часть (ver-) в голландских фамилиях часто указывает на происхождение с места, а Heijden — это «пустошь», «вересковая степь». Полный смысл: «с пустоши» или «живущий у вересковой земли». Такие фамилии массово закреплялись в Нидерландах в начале XIX века, после наполеоновской административной реформы, когда каждый обязан был выбрать родовое имя.

С точки зрения русского словообразования, Верхейден стоит особняком. В ней нет славянских суффиксов -ов, -ин, -ский, которые обычно адаптируют иноязычные фамилии. Это говорит о том, что носитель или его ближайшие предки переселились в Российскую империю уже с готовой фамилией, и её не стали русифицировать. Чаще всего такие случаи связаны с приглашёнными специалистами — офицерами, инженерами, мастерами — при Петре I и его преемниках, когда в страну активно звали голландцев.

Встречается написание Верхейден, реже — Вергейден, что отражает попытку передать гортанный голландский звук [g] русскими буквами. В самой Голландии фамилия распространена в южных провинциях, особенно в Северном Брабанте и Лимбурге, где много вересковых пустошей. В России же она осталась штучной: по переписям XIX–XX веков её фиксировали в Петербурге, Москве и Риге — в городах с историческими немецкими и голландскими общинами.

Сейчас фамилия Верхейден встречается крайне редко. Её обладатели — потомки тех самых переселенцев, сохранившие память о голландских корнях. Других версий происхождения (например, от немецкого «верховный» или русского «верх») у лингвистов нет: основа прозрачно читается как нидерландская, и альтернативные толкования были бы натяжкой.