Фамилия Верхеевы — редкий случай, когда основа не бросается в глаза, хотя лежит почти на поверхности. Если отбросить фамильный суффикс -ев, остаётся корень «Верх-», который сразу наводит на мысль о чём-то верхнем, высоком. Но есть нюанс: фамилия звучит как Верхе́евы, с ударением на втором слоге, а не Верхе́вы. Это указывает на то, что в основе лежало не просто прилагательное «верхний», а некая форма сравнительной степени или притяжательное прилагательное.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища Верхей. В русских говорах «верхей» могли называть человека, который жил на возвышенности, «на верху» села, или того, кто занимал высокое положение — старшину, выборного. Суффикс -ей в прозвищах встречается, но нечасто, и придаёт слову оттенок превосходства. Другими словами, Верхей — это не просто «верхний», а «самый верхний», «главный». От этого прозвища и пошли Верхеевы: сын Верхея стал Верхеевым.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с географическим названием. В русской топонимике есть деревни с корнем «Верх-» (Верхи, Верхнее), и житель такой деревни мог получить прозвище Верхей по месту выхода. Однако в этом случае мы бы чаще встречали фамилию Верхин или Верхов, а специфическая форма Верхеев говорит именно о прозвищном происхождении.

Фамилия очень редкая. В дореволюционных справочниках и современных базах данных Верхеевы почти не встречаются за пределами отдельных регионов. По косвенным данным, единичные носители фиксируются в Поволжье и на Урале — в тех местах, где сохранялись архаичные говоры и прозвищные формы. Сословно это, скорее всего, крестьяне или однодворцы, потому что фамилии с таким «домашним» корнем редко встречались у дворянства.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Верхеев стоит особняком от массовых Верховцев, Вершининых и Верхоланцевых. Последние образованы от названий профессий или мест (верхолаз, верхотурский), а Верхеев — от личного прозвища, что делает её более индивидуальной. По сути, это фамилия-характеристика: предок был видным человеком в своей общине или просто жил на пригорке, и это закрепилось за родом.