Фамилия Верховая стоит в ряду так называемых «женских» фамилий — то есть таких, которые закрепились в форме прилагательного женского рода. В русской традиции это редкая модель: обычно фамилии на -ов/-ев, -ин, -ский образуются от мужских прозвищ или отчества, а женская форма указывает, что фамилия принадлежала женщине, чаще всего вдове или дочери, и была записана за ней в документах. Верховая — это не изменённая по падежам фамилия мужа, а самостоятельное прозвище, данное женщине, или же форма, возникшая из бытового обращения: «Верховая солдатка», «Верхова крестьянка».

Основа фамилии — прилагательное «верховая». В русских говорах слово имело несколько значений. Самое прямое — «относящаяся к верху, живущая на возвышенности, наверху». В деревнях так могли назвать женщину, чей дом стоял на пригорке, в верхней части села, в отличие от «низовых» соседей. Но есть и другая, более конкретная версия: «верховая» — лошадь, предназначенная для верховой езды, а не для упряжи. Прозвище Верховая могли дать женщине, которая хорошо сидела в седле, или дочери конюха, занимавшегося верховыми лошадьми. В говорах слово «верховой» также означало «тот, кто ходит по верхам», то есть не углубляется в дело, легкомысленный человек, — но это значение менее вероятно для фамилии.

Суффикс -ая — типичное окончание полного прилагательного женского рода, которое в русских фамилиях встречается реже, чем в украинских или польских. В русской ономастике такие формы чаще всего фиксировались в северных и сибирских регионах, где переписи населения проводились позже и нередко записывали прозвище именно в той форме, в какой его употребляли в быту. Если бы фамилия образовалась от мужского прозвища Верх, Верховой, мы бы имели Верхов или Верховой. Верховая — явный признак того, что носительницей прозвища была женщина, и фамилия не перешла в мужской род.

Сравните с однокоренными фамилиями: Верхов, Верховцев, Вершинин, Вершина. У всех у них общая семантика «верх, вершина, возвышенность». Верховая — редкий вариант, который стоит особняком именно из-за грамматической формы. В современных справочниках фамилия встречается нечасто, и её география не широка: единичные случаи в Центральной России и на Урале. Это не массовая фамилия, а скорее локальное прозвище, которое сохранилось в нескольких ветвях.