Фамилия Верхомий — наглядный пример того, как прозвище, данное по месту жительства, застыло в фамильной форме. В её основе лежит сочетание «верхий» (сравните с диалектным «верхний») и «ом» — корня, родственного слову «дом». Человек Верхомий — это тот, кто живёт в верхней части дома, либо, что вероятнее, на верхнем конце села или деревни. В русских говорах «ом» или «омь» могло означать не только строение, но и территорию, участок, поэтому прозвище могло получить и хозяин дома на пригорке, и житель «верхнего» порядка улицы.

Словообразовательная модель фамилии необычна. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Фамилия образована напрямую от прозвища в именительном падеже, что характерно для украинской и южнорусской ономастики. В украинском языке форма «Верхомий» — это прилагательное мужского рода, буквально «верхнедомовый». Поэтому географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи: Черниговщине, Полтавщине, а также к пограничным русским землям — Брянщине, Курщине. Встречается и на Кубани, куда переселялись малороссы.

В отличие от фамилий-«географических» вроде Верхотурцев или Верхоланцев, Верхомий не указывает на конкретный топоним, а описывает положение в пространстве. Это «топографическое» прозвище, которое давали без привязки к названию села. Соседи могли назвать так крестьянина, чья хата стояла выше других, или того, кто первым селился на горе. Прямых аналогов в русских фамилиях мало — можно вспомнить разве что Верхоустинского или Верхоглазова, но там другой принцип образования.

Спорных версий происхождения практически нет. Предположение о связи с глаголом «вершить» или «верхом» (на лошади) лингвистически слабо: в таком случае мы бы имели фамилию Вершомий или Верховой. Сочетание «Верхомий» однозначно указывает на дом, а не на действие или способ передвижения. Встречающееся в старых метрических книгах написание «Верхомый» (с буквой «ы» на конце) лишь подтверждает южное происхождение — в украинском языке прилагательное мужского рода оканчивается на -ий, в русском на -ый, поэтому фамилия могла русифицироваться при записи в документах.

Владельцы фамилии Верхомий в подавляющем большинстве — потомки крестьян и казаков. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В ревизских сказках XIX века Верхомии встречаются среди государственных крестьян Черниговской губернии, что указывает на их неприписанность к помещикам. Сегодня фамилия редкая, но не исчезающая: её носители живут на Украине, в России и в диаспоре, сохраняя память о предке, который когда-то обосновался на возвышенности.