Фамилия Верхованец — редкий случай, когда географическое происхождение человека почти напрямую стало его фамилией. Она образована от названия жителя определённой местности — «верховáнец», то есть человек, живущий в верховьях реки, на верхнем течении. Чаще всего так называли выходцев с Верховажья (земли по реке Ваге, ныне Вологодская область) или с верховьев Дона, Волги, Оки. В любом случае прозвище указывало на то, что предок носителя фамилии был пришлым с «верхов» и его так и записали в документах: «Верхованец», то есть «верховский житель».

Словообразовательная модель здесь прозрачна, но нестандартна для русских фамилий. Суффикс -ец в основе указывает на принадлежность к территории или сообществу (сравните: донец, волжанец, пермяк — но с другим суффиксом). Фамилия, по сути, застыла в форме прозвища-этнонима, без дополнительных родовых суффиксов -ов/-ев или -ин, которые обычно добавляли, чтобы сделать фамилию «семейной» (например, Верхованцев — была бы более типичная патронимическая форма). Отсутствие такого суффикса говорит о том, что фамилия могла закрепиться в среде, где ещё не действовала жёсткая унификация, — возможно, на Русском Севере или в казачьих областях, где прозвища нередко переходили в фамилии без изменений.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Верхованец, данного человеку, который жил на возвышенности, на «верху» селения. Однако в таком случае логичнее было бы прозвище Верховец или Верховой. Версия с речным ориентиром выглядит убедительнее: она объясняет суффикс -анец, типичный для названий жителей по рекам (поляне, древляне — но это древние племена; в более позднее время — суздальцы, можайцы). В говорах слово «верховáнец» фиксируется именно в значении «житель верховьев реки» или «крестьянин из верхней части волости».

Известных исторических носителей фамилии Верхованец почти нет в открытых источниках — это говорит о её локальности и, вероятно, небольшой распространённости. Фамилия не попала в массовые переписи помещичьих крестьян центральной России, что косвенно указывает на северное или вольное (казачье) происхождение. Сейчас она встречается единично, в основном на юге России и в Украине, что может быть следствием миграций казачества в XVIII–XIX веках.