Фамилия Вэрпэко — редкий случай, когда написание прямо указывает на иноязычное происхождение. Сочетание букв «э» после согласной и конечное «-о» нетипично для исконно русских фамилий. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в среде, где смешивались несколько языков, — например, на юго-западе бывшей Российской империи или в Причерноморье.

Основа фамилии — прозвище Вэрпэ. Если отбросить конечное «-ко» (уменьшительный или «сыновний» суффикс в украинском, белорусском и молдавском ареалах), остаётся корень, который можно связать с румынским (молдавским) словом «vârf» — «вершина, остриё, верхушка». В диалектах и разговорной речи это слово могло звучать как «вырф» или «вэрф». Прозвище Вэрпэ мог получить человек с острыми чертами лица, высокий, или тот, кто жил на возвышенности, на «верху» села. Менее вероятна, но возможна связь с цыганским словом, где «вэр» означает «ветер» (тогда прозвище могли дать быстрому, порывистому человеку).

Суффикс «-ко» указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где было принято называть сына «маленьким Вэрпой» или «сыном Вэрпы». Такая модель широко распространена в Украине, Молдове и на юге России. Со временем прозвище отца закрепилось за потомками как фамилия.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Поиск по открытым базам данных показывает единичные случаи в Молдове и на юге Одесской области Украины. В России фамилия практически не фиксируется, что подтверждает её локальный, диалектный характер. Носители фамилии, вероятно, потомки крестьян или мещан из молдавско-украинского пограничья, где фамилия закрепилась в письменном виде довольно поздно, в XIX — начале XX века, когда фиксация прозвищ стала обязательной.

Других версий происхождения, например, из тюркских языков, не прослеживается: звуковой облик «Вэрпэ» нехарактерен для тюркских корней. Фамилия остаётся загадочной именно из-за своей редкости и чёткой привязки к небольшому региону.