Фамилия Виголайнен — почти стопроцентный маркер финского или карельского происхождения. На это указывает типичный суффикс -нен, который в финской ономастике выполняет ту же роль, что русские -ов и -ин: он образует фамилии со значением принадлежности или происхождения. Буквально формант -nen переводится как «маленький» или «относящийся к», но в фамилиях он чаще всего указывает на связь с местом, именем или прозвищем.

Корень фамилии — Вигола (фин. Vihola, Viholainen или диалектное Vigola). Скорее всего, он восходит к финскому слову viha — «гнев», «злоба», или к его производным. В дохристианские времена у финнов и карел были распространены охранительные имена-обереги: назвать ребенка «Злым» или «Гневным» означало отпугнуть от него нечистую силу. Таким образом, Viha или Vihola могло быть личным именем или прозвищем, которое потом закрепилось за потомками. Менее вероятная, но допустимая версия — связь с топонимом: в Финляндии есть несколько хуторов и деревень с названием Vihola (например, в регионе Сатакунта). Тогда фамилия Виголайнен означала бы «родом из Вихолы».

Написание через «г» (Виголайнен) вместо ожидаемого финского Viholainen — результат адаптации при записи русскими чиновниками или писарями. Финский звук h в слабой позиции на слух мог восприниматься как близкий к русскому г (сравните: финское Helsinki в русском стало Гельсингфорс). Поэтому в метрических книгах и ревизских сказках XIX века фамилия могла закрепиться именно в форме Виголайнен, хотя её исходный финский вариант — Viholainen или Viholain.

В России фамилия редкая, встречается в основном в регионах исторического расселения ингерманландских финнов и карел: в Ленинградской области, в Карелии, а также среди потомков переселенцев в Сибирь. Носители фамилии — это, скорее всего, потомки крестьян-земледельцев или рыбаков с Карельского перешейка и Приладожья, которые в XIX — начале XX века сохраняли свою фамильную традицию, записанную русскими писарями с характерной «оглушённой» согласной.