Фамилия Виксенко — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа не славянская, а западноевропейская, а суффикс -енко указывает на украинское или южнорусское происхождение. Такое сочетание сразу выдаёт в фамилии не местный, а пришлый корень, который был переработан по славянской модели.

В основе лежит имя или прозвище Викса. Скорее всего, это не русское слово, а сокращение от мужского имени Виктор (через форму Вик — Викса) или от женского имени Виктория. В XVIII–XIX веках на территориях Малороссии и Новороссии оседали выходцы из Европы, и иностранные имена часто адаптировали на местный лад: превращали в уменьшительно-бытовые формы, а затем добавляли фамильный суффикс. Так Викса — это «маленький Виктор» или «Викторьев сын», а Виксенко — буквально «потомок Виксы».

Есть и другая, менее вероятная версия: от немецкого Wix (смазка, лак) или от фамилии Wix, Wixen. Немецкие колонисты привозили в Россию свои прозвища, которые потом русифицировали. Но в этом случае форма Виксенко возникла бы не сразу — сначала появился бы Викс, а уже его дети стали бы Виксенко. Такое возможно, если переселенец обосновался в украинской среде, где -енко — главный показатель родства.

Географически фамилия Виксенко встречается преимущественно на востоке Украины и в прилегающих областях России (Харьковская, Луганская, Белгородская). Это зона активного смешения украинского и русского населения, где фамилии на -енко особенно распространены. Носителей мало, фамилия нечастотная, что подтверждает её позднее и локальное происхождение.

Сословно предки Виксенко могли быть как крестьянами, так и мещанами. Суффикс -енко в XVIII–XIX веках уже не был привилегией казацкой старшины — его активно использовали все слои украинского общества. Поэтому по фамилии нельзя определить, был ли род казацким или крепостным, но можно уверенно сказать: фамилия формировалась в бытовой, а не в книжной среде, без участия духовенства или дворянских герольдий.