Фамилия Вильджунас — редкий случай, когда географическое происхождение почти очевидно, а вот смысл корня требует разбора. Скорее всего, перед нами литовская или жемайтийская фамилия, что выдает характерный суффикс -унас (-ūnas). В литовской ономастике этот суффикс часто указывал на происхождение от отца или на принадлежность к роду: например, если отца звали Вильджюс, то его сын становился Вильджунасом. Похожая модель работает в польских фамилиях на -евич или русских на -ович, только в Литве она сохранила свою архаичную форму.

Основа фамилии — «Вильдж-» (Vildž-). Здесь возможны две версии, и обе имеют право на жизнь. Первая: корень восходит к литовскому «vildyti» — «обманывать, хитрить». Тогда прозвище Вильджюс мог получить человек изворотливый, хитрый, возможно, удачливый в торговле или переговорах. В литовских говорах это слово не носило резко отрицательного оттенка, скорее характеризовало практичную сметку. Вторая версия: связь с немецкой фамилией Wild (дикий) или Wildschütz (браконьер, лесной стрелок). В Литве, особенно в Малой Литве (Клайпедский край), было много немецких переселенцев, и литуанизированные формы немецких фамилий — обычное дело. Вильджунас мог быть потомком немца по фамилии Вильд, которого на литовский лад «одомашнили» суффиксом -унас.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу Литвы и к территории бывшей Восточной Пруссии. Встречается она нечасто, даже в литовском ономастиконе это скорее редкость. В России или Беларуси Вильджунасы — почти наверняка потомки литовцев, переселившихся в XIX–XX веках. Социально носители такой фамилии могли быть крестьянами или мелкими ремесленниками, но из-за немецкого следа нельзя исключать и городских жителей, связанных с лесным хозяйством или охотой.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то в Литве есть Вильджюс (Vildžius) — без суффикса -унас, то есть прямая форма прозвища. А Вильджунас — это уже патроним, «сын Вильджюса». Такая пара хорошо иллюстрирует, как работала литовская система образования фамилий: старшее поколение носило прозвище, младшее — производную фамилию.