Фамилия Вильдина — редкий пример, где женская форма закрепилась в качестве основной, а не как вариант мужской. Обычно такие фамилии на -ин/-ына (Вильдин — Вильдина) образуются от мужского имени или прозвища, но здесь исходная мужская форма почти не встречается, что указывает на позднюю фиксацию или на то, что фамилия пошла от женщины-родоначальницы.

Основа фамилии — «Вильд» или «Вильда». Самый прямой путь — от немецкого или скандинавского корня «wild» (дикий, своевольный). В России фамилии с таким корнем часто давали обрусевшим немцам или выходцам из Прибалтики. В этом случае прозвище Вильд означало «дикий, нелюдимый человек» или, наоборот, «буйный, неукротимый». Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Вильдин, то есть сын или потомок Вильда.

Есть и другая версия, менее вероятная, но возможная для южных регионов. В тюркских языках есть слово «вильд» (от арабского «валад») — «дитя, потомок». Тогда Вильдина могла означать «принадлежащая к роду ребенка», но эта гипотеза слабая, так как для татарских и башкирских фамилий типичнее суффиксы -ов/-ев или -ин с другой огласовкой.

Географически фамилия Вильдина встречается в Поволжье и на Урале — в местах, где исторически селились немцы-колонисты. Встречается она и в Башкортостане, что может указывать на смешанные браки или на местное, не немецкое происхождение. В любом случае, носители этой фамилии — скорее всего, потомки людей с прозвищем, которое закрепилось за одним человеком, а не целым родом.