Фамилия Вилгерте — редкий пример балтийского наследия в русском ономастиконе. В основе, скорее всего, лежит древнелитовское имя Вильгерд, которое складывается из двух корней: vilt- («надежда») и gird- («слух, известие»). Смысл имени, таким образом, можно передать как «известный своей надеждой» или «тот, о ком идёт добрая молва». Интересно, что окончание «-е» в русском бытовании фамилии не отсеклось — это может указывать на позднюю фиксацию фамилии в документах или на то, что её принесли переселенцы из западных губерний, где литовские и польские фамилии на -те не переделывали под русские суффиксы.

Если бы фамилия вошла в русскую традицию раньше, она, скорее всего, получила бы суффикс -ов или -ин и звучала бы как Вильгердов. Сохранение формы Вилгерте говорит о том, что носители долго сохраняли этническую или региональную обособленность — например, жили на территории бывшего Великого княжества Литовского, где балтийские имена были обычны. Сравните с фамилиями-аналогами: Гинтерте, Гирдете — все они построены по той же модели.

Версия о происхождении от немецкого Wilgerte (от Wilger, «воин воли») менее вероятна: для немецких фамилий на -е характерна иная география распространения, а балтийская этимология объясняет и корни, и окончание без натяжек. Таким образом, предки носителя фамилии Вилгерте — скорее всего, литвины или белорусы с литовскими корнями, носившие двусоставное имя, типичное для балтийской антропонимии дохристианского периода.