Фамилия Вильгерт — яркий пример немецкого по происхождению имени, которое закрепилось в России в результате многовековых контактов двух культур. В отличие от большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов или -ин, Вильгерт сохранила исходную германскую форму без русификации. Это сразу указывает на относительно позднее появление в русской среде и на то, что носитель фамилии, скорее всего, не был крестьянином: простых людей обычно записывали на русский лад.

Основа фамилии — двухосновное немецкое личное имя Willigert. Первая часть, willi, переводится как «воля» или «желание», вторая, gert, восходит к древневерхненемецкому gēr — «копье». Таким образом, имя можно истолковать как «тот, кто желает копья» или «волевой копьеносец». В германской ономастике такие «воинственные» имена были типичны для дружинной среды раннего Средневековья. В отличие от распространённых Вильгельм или Гертруда, имя Виллигерт встречалось реже, что делает фамилию относительно редкой.

В России фамилия Вильгерт могла появиться несколькими путями. Самый вероятный — через колонистов, которых приглашала Екатерина II в XVIII веке для освоения Поволжья. Немецкие ремесленники, аптекари и офицеры оседали также в Петербурге, Москве и Прибалтике. Второй вариант — обрусевшие немцы, перешедшие на русскую службу ещё в XVII веке и сохранившие родовое имя в качестве фамилии. Встречается фамилия и у потомков балтийских немцев, чьи предки жили в Курляндии или Лифляндии.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком: в ней нет типичных русских суффиксов, указывающих на принадлежность роду (как -ович или -ский). Она представляет собой чистое перенесение немецкой фамильной формы, что характерно для городского сословия и дворянства. В метрических книгах XIX века можно найти варианты написания: Вильгертъ (с твёрдым знаком на конце) и изредка Вильгердт — через d, что отражает немецкое произношение.

Споров по этимологии практически нет: корень прозрачен для германиста. Единственная альтернативная версия — связь с топонимом Вильгарт (Wilgart) в Германии, но она менее убедительна, так как фамилии от названий мест обычно имеют суффикс -er (Вильгартер), а не нулевой. Таким образом, фамилия Вильгерт — это прямой потомок древнегерманского имени, застывший в русском документообороте, и её носители, вероятно, происходят из среды немецких переселенцев или служилых людей.