Фамилия Вилюжанин происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Вилюжанин образована от прозвища, которое получил человек, живший на берегу реки Вилюй, протекающей в Якутии и Красноярском крае. Вилюй — крупнейший левый приток Лены. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Вилюжанин, со временем получил фамилию Вилюжанин. О точном месте и времени возникновения фамилии Вилюжанин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Вилюжанин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.