Фамилия Виндасиус — редкий пример, когда географическое происхождение предка закрепилось в латинизированной форме. В основе фамилии, скорее всего, лежит прозвище, которое давали выходцу из города Виндау (современный Вентспилс в Латвии). В русских документах этот город также называли Виндавой. Модель образования проста: топоним + латинский суффикс -ius, который в Европе часто добавляли к фамилиям учёных, пасторов или просто людей, желавших придать своей фамилии книжное, «учёное» звучание.

Такая словообразовательная модель (топоним на -ius) для русских фамилий нехарактерна. Она встречается в основном у остзейских немцев, поляков и литовцев, а также у представителей духовенства, которые иногда переводили свои фамилии на латынь. Поэтому носитель фамилии Виндасиус — это, вероятно, человек, чей предок жил в Курляндии (территория современной Латвии) и либо сам был выходцем из Вентспилса, либо получил такую фамилию при переходе в другое сословие или переезде.

Других версий происхождения, кроме топонимической, у фамилии нет — корень прозрачно указывает на название места. Никаких данных о том, что слово «виндасиус» имело самостоятельное нарицательное значение в русском или немецком языках, не существует. Фамилия остаётся локальной и очень редкой, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: она прямо указывает на регион, где стоит искать корни рода.