Фамилия Виндекер — редкий пример немецкого по происхождению прозвания, которое закрепилось в русском быту без перевода и без адаптации суффиксами. Её основа — немецкое Windecker. Это не случайное созвучие, а указание на конкретное место: Windecken — исторический район города Ниддерау в земле Гессен. Человек, которого называли Windecker, скорее всего, был выходцем оттуда. В немецкой ономастике такие фамилии с суффиксом -er, образованные от названия города или села, называют херингснами (Herkunftsname) — фамилиями по происхождению.

В Россию носители этой фамилии попали, вероятнее всего, в XVIII–XIX веках, в период активного приглашения немецких специалистов (врачей, аптекарей, инженеров, ремесленников) или в ходе переселения немецких колонистов в Поволжье и Причерноморье. Виндекер — не дворянская фамилия, а скорее бюргерская или ремесленная, что подтверждается её бытованием в мещанских и купеческих сословиях. В документах XIX века встречаются варианты написания Виндекер и Виндеккер — двойное «к» ближе к немецкому оригиналу, но в русской передаче часто упрощалось.

Отдельного внимания заслуживает ударение. В немецком Windecker произносится с ударением на первый слог — ВИндэккер. В русском языке фамилию нередко произносят с ударением на второй слог — ВиндЕкер, что является калькой с иноземного слова без учёта немецкой акцентуации. Если придерживаться этимологии, правильно ставить ударение на первый слог.

Фамилия Виндекер почти не даёт простора для альтернативных версий: ни с каким русским корнем или суффиксом она не пересекается. Это чистая топонимическая фамилия, и её носители — потомки тех, кто когда-то уехал из немецкого городка Виндеккен и осел на новых землях. Встречается она редко, в основном в центральных регионах России и в бывших немецких колониях Украины, где сохранилась память о происхождении.