Фамилия Виндеккер (в немецком написании Windecker) — это типичная для немецкоязычного мира фамилия-топоним. Она образована от прозвища, которое указывало на человека, родом из города или коммуны Виндек (Windeck). Таких населённых пунктов в Германии несколько. Самый известный — коммуна в земле Северный Рейн — Вестфалия, но название Виндек встречается и в других землях, а также фигурирует в названиях старых замков и феодальных владений. Поэтому сейчас уже невозможно точно определить, выходцем из какой именно местности был основатель рода Виндеккер.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к названию места Windeck добавляется суффикс -er. В немецкой ономастике этот суффикс выполняет ту же роль, что и русские -ский или -ский/-цкий: он превращает географическое название в обозначение жителя или выходца. Двойное «к» в русской передаче «Виндеккер» — калька с немецкого написания Windecker, где сдвоенная согласная сохраняется для точности произношения.

Интересно, что немецкие фамилии на -er, образованные от названий городов, в России часто русифицировались и меняли окончания, но Виндеккер сохранил исходный облик. Это говорит о том, что носители фамилии, вероятно, появились в русскоязычной среде относительно поздно, в XVIII–XIX веках, когда массовый приток немецких колонистов и специалистов уже закрепил в документах оригинальное написание. В отличие от фамилий, адаптированных через польское или украинское посредство, Виндеккер остался «чистым» немецким топонимом, и его этимология читается без лишних наслоений.