Фамилия Виндюк — редкий случай, когда в основе лежит не местное прозвище, а целый исторический и этнический пласт. Её ядро — корень vend/wind, которым германские и прибалтийско-финские народы с раннего Средневековья обозначали славян. У франков так называли всех полабских славян, а немцы вплоть до Нового времени обобщённо именовали вендами лужичан, лютичей, бодричей и поморян — то есть соседние славянские племена, кроме, вероятно, чехов и поляков. В датских хрониках под этим именем фигурируют именно полабские славяне, в том числе руяне, с которыми воевал король Вальдемар I Великий.

Отсюда первая и самая вероятная версия: основатель рода Виндюк — славянин, живший на территории Восточной Германии или Прибалтики, которого окружающее население называло «вендом». Прозвище закрепилось, а суффикс -юк (характерный для украинской, белорусской и южнорусской ономастики) указывает на то, что носитель фамилии — потомок этого человека, «маленький венд» или «сын венда». Именно эта модель образования — именование по этнической принадлежности предка с уменьшительным или патронимическим суффиксом — объясняет, почему фамилия звучит не как Винд, Виндов или Виндский, а именно Виндюк.

Есть и вторая, географическая версия. В Латвии протекает река Вента (в старых источниках — Винда), название которой восходит к тому же корню vend. Не исключено, что основатель рода Виндюк был выходцем с берегов этой реки, и фамилия закрепилась по месту жительства или прежней родины. Такая привязка к конкретному топониму — не редкость для фамилий Прибалтики и Северо-Запада России.

В документах фамилия встречается редко. В Книге памяти Республики Татарстан указан Виндюк Петр Яковлевич, родившийся в 1907 году в Манчжурии, на станции Им-Янь-По. Эта запись сама по себе говорит о непростой судьбе носителей фамилии: уже в начале XX века Виндюки оказывались далеко за пределами исходного ареала — вплоть до Дальнего Востока.