Фамилия Виндюкова — женская форма фамилии Виндюков, и её происхождение уходит корнями в прозвище, связанное с литовским или польским языком. Основа фамилии — «Виндюк», которое, скорее всего, восходит к литовскому слова «vindė» (ветер, сквозняк) или польскому «wędka» (удочка). Однако более вероятна версия, что прозвище Виндюк дали человеку с резким, порывистым характером или тому, кто жил на открытом, продуваемом ветрами месте. Слово «виндюк» в некоторых русских говорах (например, в южнорусских и белорусских) могло означать «ветреный человек» или «повеса».

Суффикс «-ов» в мужской форме указывает на принадлежность: Виндюков — «сын Виндюка». Женская форма Виндюкова образовалась стандартно, как указание на жену или дочь Виндюкова. Фамилия редкая, нечасто встречается в центральной России, но имеет некоторую географическую привязку к Курской, Белгородской и Брянской областям, где исторически было сильное влияние литовской и польской топонимики. В этих краях прозвища на «-юк» (Виндюк, Костюк, Пантюк) были типичны для крестьянской среды.

Интересная деталь: фамилия Виндюкова могла возникнуть не от прозвища, а от названия населённого пункта. В Польше и Литве есть несколько мест с корнем «Винд» (например, деревня Винды в Подляском воеводстве). Переселенцы оттуда, попав в Россию, могли получить фамилию по месту выхода. Но это менее вероятно, так как для таких фамилий чаще использовали суффикс «-ский» (Виндовский). В любом случае, Виндюкова — это фамилия, которая прямо указывает на характер или место жительства предка, без сословных претензий: её носили в основном крестьяне и мещане.