Фамилия Виндюков — редкий случай, когда основа и суффикс указывают в разные стороны. С одной стороны, это типичная русская фамилия на -ов, образованная от прозвища или имени. С другой — корень «Винд-» не имеет очевидных славянских параллелей. Здесь и кроется главная загадка.

Самая правдоподобная версия ведет к немецкому слову Wind — «ветер». В России XVIII–XIX веков, особенно в Поволжье и Новороссии, оседали немецкие колонисты. Их фамилии нередко русифицировали: Wind становилось Винд, а затем, по модели русских отчеств, превращалось в Виндов или Виндюков. Суффикс -юк- (ср. Виндюк) характерен для украинского и белорусского вариантов, а затем к нему добавили русское -ов. То есть предок носителя фамилии мог быть немцем, которого в документах записали как Виндюк — «ветреный» или просто «сын Винда».

Менее вероятная, но возможная версия — отчество от прозвища Виндюк, которое в южнорусских говорах могли дать человеку быстрому, порывистому или легкомысленному (от того же «ветра»). В этом случае фамилия чисто славянская, но корень всё равно заимствованный. Собственно славянского слова «винд» в русском языке нет.

Обратите внимание на суффикс -юк-: он указывает на украинские или белорусские земли. Фамилия Виндюков могла возникнуть на территории современной Украины или юга России, где смешивались немецкие и славянские фамильные традиции. Географически она встречается редко, рассеяна небольшими гнездами.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Виндюков не упоминается — это говорит о её локальном характере. Если искать однокоренные, то Виндов, Виндюк — все они уходят корнем в германское Wind. Фамилия не имеет отношения к дворянским родам: скорее всего, её носили крестьяне или мещане, чей предок либо получил прозвище за характер, либо был переселенцем из немецких колоний.