Фамилия Виндокуров — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с профессией, но не с той, что лежит на поверхности. На слух она напоминает фамилию Винокуров, образованную от названия профессии винокура — человека, который занимался перегонкой браги, то есть винокурением. Однако замена всего одной буквы — «д» вместо «к» — меняет историю.

Скорее всего, Виндокуров — это искажённая, диалектная или записанная на слух форма той же самой фамилии Винокуров. В русских говорах, особенно в северных и сибирских, звук «к» перед гласной мог озвончаться в «г» или заменяться на «д» под влиянием местного произношения или просто из-за нечёткой диктации писаря. Писарь, записывая крестьянина, мог услышать не «винокур», а «виндокур» — и зафиксировать так, как понял. Суффикс «-ов» стандартно указывает на принадлежность: «сын Виндокура», то есть сын человека, которого в деревне звали Виндокуром (вместо Винокур).

Есть и менее вероятная, но всё же возможная версия: связь с немецкой фамилией Windhager или Windhuk. Немецкое слово Wind (ветер) и Huk (мыс) или Hager (худой) могли при заимствовании в русскую среду переосмыслиться в «Виндокур» по созвучию с привычным «винокур». Но эта гипотеза слабая, потому что массовых миграций немцев с такой фамилией в центральную Россию не зафиксировано, а суффикс «-ов» — чисто русский патронимический показатель, который обычно не прикрепляют к иноязычной основе, если носитель не обрусел полностью.

Таким образом, основная версия: Виндокуров — это фонетический вариант фамилии Винокуров. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были винокуренными мастерами — людьми, которые варили хлебное вино (водку) на помещичьих или казённых винокурнях. В XVIII–XIX веках это была распространённая и не самая низкая специальность среди крестьян и мещан. Фамилия осталась редкой именно из-за ошибки или особенности произношения, что делает её своеобразным маркером конкретного региона или даже одной семьи, где прозвище закрепилось в необычной форме.