Фамилия Виндугов звучит редко, и её происхождение не лежит на поверхности. На первый взгляд, в ней слышится что-то немецкое или прибалтийское, но, скорее всего, корень здесь чисто русский, хотя и диалектный.

Основа фамилии — слово «виндуг» или «виндук». В русских говорах, особенно на северо-западе и в Сибири, так называли вьюгу, метель, пургу. Например, в архангельских и вологодских говорах «виндуг» — это сильный ветер со снегом. Прозвище Виндуг могли дать человеку с беспокойным, порывистым характером, либо родившемуся в ненастную погоду. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Виндуга», то есть потомок того, кто носил такое прозвище.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с искажённым немецким Windhuk (Виндхук — столица Намибии). Но такое топонимическое прозвище могло появиться разве что у бывалых солдат или моряков, побывавших в Африке, — случай единичный. Для массового бытования фамилии эта гипотеза слишком экзотична.

Интересно, что фамилия Виндугов встречается в основном на юге России — в Ростовской области, Краснодарском крае, на Ставрополье. Это необычно для северного слова «виндуг». Возможно, переселенцы с Русского Севера принесли прозвище на юг, или же основа иная — например, тюркское слово «венд»/«винд» (род, племя) с русским суффиксом. Но это лишь предположение.

В любом случае, фамилия Виндугов — пример того, как местное, почти забытое слово сохранилось в родовом имени. Предки носителя этой фамилии скорее всего были крестьянами или казаками, а прозвище им дали за характер или обстоятельства рождения.