Фамилия Виндюрин — одна из тех, что не бросается в глаза, но при внимательном разборе ведет вглубь русской провинции и старых говоров. Её основа — слово «виндюра» (или «вендюра»), которое в диалектах, особенно северных и вологодских, означало «безделицу», «пустяк», а также «хитрость» или «уловку». Человек, получивший прозвище Виндюря, мог быть или мастером на выдумки, или, наоборот, тем, кого считали пустым, несерьёзным. Прозвища такого рода — отвлечённые или предметные — нередко закреплялись за крестьянами в XVI–XVII веках, когда фамилии ещё не стали обязательными.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Виндюрин — «сын Виндюри». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Виндюрин — не единственный в этом гнезде: однокоренные Виндюров, Виндюков, Вендюрин встречаются в переписях Псковской, Тверской и Архангельской губерний. Виндюрины, судя по архивным данным, плотно осели в Вологодской и Костромской областях, где диалектные слова с корнем «винд-» фиксируются до сих пор. Редкость фамилии говорит о том, что она не вышла за пределы локального круга и не была «переосмыслена» в более благозвучные варианты.

Есть и альтернативное объяснение — от личного имени Виндюр, которое могло быть искажённой формой скандинавского или финского имени (например, Виндюр — вариант Виндр, от др.-сканд. vindr «ветер»). Но эта версия менее убедительна: в русских писцовых книгах такие имена не зафиксированы, а диалектное значение прозвища лежит на поверхности. Фамилия Виндюрин — не дворянская, не купеческая: её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, и прозвище закрепилось за ними не по должности, а по характеру или привычке.