Фамилия Винэке — редкая и нестандартная для русского уха. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, и это сразу подсказывает, что её происхождение, скорее всего, нерусское. С высокой вероятностью, перед нами фамилия, пришедшая из французского, немецкого или прибалтийского языков, и её носители — потомки иностранцев, обосновавшихся в Российской империи.

Самый прямой путь к разгадке — рассмотреть фамилию как вариант передачи французской фамилии Vinay (Винэ) или Vinayet. В русской транскрипции конца XVIII — XIX века, когда в страну активно приезжали французские гувернёры, ремесленники и военнопленные, окончание могло обрасти славянским «-ке» по аналогии с украинскими или польскими фамилиями (например, Ковальке, Бондарке). Основа Vinay, в свою очередь, восходит к латинскому vinum (вино) — прозвище винодела, торговца вином или человека, жившего у виноградника. В этом случае предок носителя фамилии Винэке мог быть французским виноградарем или содержателем кабачка.

Есть и другая, менее очевидная версия — немецкая. В немецком языке встречается фамилия Wieneke (Винэке) или Wienecke, распространённая в Нижней Саксонии и Вестфалии. Она образована от личного имени Wienand (древневерхненемецкое wini — «друг» + nand — «смелый») с уменьшительным суффиксом -ke. В этом случае Винэке — это «маленький Винанд» или «сын Винанда». Немецкие колонисты, особенно ремесленники и крестьяне, приглашённые в Россию при Екатерине II, могли привезти эту фамилию в Поволжье или Причерноморье.

Третья, совсем редкая возможность — прибалтийский или польский след. В латышском языке есть слово «vīns» (вино), а окончание -екс характерно для латышских фамилий. Если бы фамилия писалась как «Винекс» или «Виньекс», это было бы очевидно, но форма Винэке с ударением на последний слог скорее тяготеет к западноевропейскому произношению. Учитывая редкость, наиболее правдоподобной выглядит французская версия с последующей русификацией окончания: французский мастеровой или офицер, осевший в России, чью фамилию на слух записали как Винэке.

Географически фамилия Винэке в современных российских базах данных встречается крайне редко, единичными случаями. Это говорит о том, что род малочислен и, вероятно, не имел дворянского статуса (дворянские нерусские фамилии обычно сохраняли исходное написание). Скорее всего, предки были городскими мещанами или цеховыми ремесленниками, которые в XIX веке жили в Москве, Санкт-Петербурге или в Одессе — местах концентрации иностранных общин.