Фамилия Винке — редкий случай, когда носитель немецкой фамилии мог оказаться в России, не меняя её форму на славянский лад. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, Винке сохранила исходное немецкое окончание, и это сразу указывает на её происхождение: перед нами фамилия немецкого или, шире, германского корня.

Основа фамилии — немецкое слово Winkel, что значит «угол», «уголок», а также «маленькая бухта» или «закоулок». В топонимике Winkel — распространённое название деревень и хуторов в Германии, Австрии и Швейцарии. Фамилия могла возникнуть двумя путями. Первый: человек жил в таком местечке и получил прозвище по месту жительства — «тот, кто из Винкеля». Второй: в средневековой Германии Winkel называли глухой переулок или отдалённый квартал, и прозвище давали тому, кто держал там лавку или мастерскую. В словаре немецких фамилий Бахова (Bahlow) указано, что Winkel также могло быть профессиональным прозвищем для сборщика налогов или контролёра мер и весов, работавшего «на углу» рынка.

В русском контексте фамилия Винке встречается в основном у потомков немецких колонистов, переселившихся в Россию в XVIII–XIX веках. Её могли привезти и балтийские немцы, и выходцы из южных земель Германии. На письме фамилия часто искажалась: в метрических книгах можно найти варианты Винк, Винкель, Винклер, но Винке — одна из самых лаконичных и устойчивых форм.

Интересно, что в некоторых регионах России фамилию могли переосмыслить по созвучию с русским словом «винок» (устар. «винокур»), но это народная этимология, не подтверждённая документами. Для большинства носителей фамилии Винке связь с немецкими корнями остаётся главной и самой правдоподобной версией.