Фамилия Виникайтис — почти стопроцентный маркер литовского или жемайтского происхождения. Её выдают два характерных признака: конечное -ис и суффикс -айт-. В литовской антропонимике -айтис (в русской передаче часто -айтис, -айтис) — это типичный патронимический суффикс, указывающий на потомка: буквально «сын такого-то». То есть Виникайтис — это «сын Виникаса» или «сын Виника». А имя Виникас, в свою очередь, — уменьшительная форма от литовского имени Винцас (Vytautas или Vincas), которое восходит к латинскому Vincentius — «побеждающий». В просторечии форму могли усекать до Винис, а затем добавлять суффикс для образования фамилии.

Географически фамилия Виникайтис тяготеет к северо-западу Литвы — Жемайтии. В этом регионе патронимы на -айтис встречаются особенно часто, тогда как в восточной Литве распространены фамилии на -явичюс. Если предки носителя фамилии жили на территории бывшей Российской империи, фамилия могла подвергнуться русификации: в метриках XIX века Виникайтиса могли записать как Виникайтов или Виникайтисов, но исходная форма сохранилась благодаря поздней литуанизации.

Социальный контекст прост: фамилия на -айтис не была дворянской. Её носили крестьяне и мелкие ремесленники, и она не указывает на знатное происхождение. Однако в Литве такие фамилии остаются живыми и сегодня — их нередко можно встретить в Каунасе, Шяуляе и окрестностях.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с польским словом winik — «победитель» (от łac. victor). Но тогда фамилия звучала бы как Виницкий или Виниковский, а не Виникайтис. Литовская модель образования здесь очевидна и не требует привлечения польских параллелей.