Фамилия Виньковские образована по типичной для восточных славян модели: к основе прозвища Винько добавили суффикс -овск-/-евск- (в более краткой форме -ск-), который указывает на принадлежность к роду или местности. В данном случае суффикс -ский чаще всего формировал фамилии польской или украинской шляхты, а в народной среде — фамилии по названию села или усадьбы. Однако для фамилии Виньковские более вероятно, что в основе лежит не географическое название, а личное прозвище Винько.

Прозвище Винько — спорное по значению. Первая версия связывает его с глаголом «винить» (в архангельских говорах — «обвинять»). Тогда прозвище мог получить сварливый человек или, напротив, судебный обвинитель. Вторая версия опирается на пермское значение того же глагола — «повеять, дунуть, пахнуть». В таком случае Виньком называли человека лёгкого, приятного в общении, от которого «веет» теплом. Обе гипотезы правдоподобны, но первая (с оттенком характера) встречается в ономастике чаще: прозвища, данные по поведению, вообще более устойчивы.

Менее вероятна, но возможна связь с польским winny — «виновный» или «винный» (от wino — «вино»). Если фамилия польского происхождения, она могла указывать на винодела или владельца виноградника, но для украинских и белорусских земель такое занятие было редким, поэтому эта версия слабее.

Фамилия Виньковские — не массовая, встречается в основном в западных областях Украины и среди потомков украинской диаспоры. О точном месте и времени её возникновения говорить сложно: процесс закрепления фамилий растянулся на несколько столетий. Ясно одно: в основе лежит прозвище, которое со временем вытеснило первоначальное имя и стало наследственным.