Фамилия Вищеня — редкий пример, где суффикс -еня указывает не на географическое происхождение (как в польских фамилиях на -еня), а на западнорусскую или белорусскую модель прозвищного образования. В ономастике этот суффикс характерен для фамилий, возникших на территории современных Беларуси, Смоленщины и Брянщины, где он мог выполнять роль уменьшительности или принадлежности к роду.

Основа фамилии — Вищ- — допускает два объяснения. Самое прямое: от древнерусского глагола «вищать» — визжать, пищать, издавать резкий звук. В этом случае прозвище Вищеня могли дать человеку с тонким, высоким голосом или крикливому ребёнку. Вторая версия связывает корень с диалектным «вища» — пустошь, вырубка, низкое сырое место. Такие топонимические прозвища были распространены: человека называли по местности, где он жил или владел землёй. Для белорусского Полесья и северной Украины «вища» — вполне реальный географический термин.

Менее вероятна, но возможна связь с личным именем Виссарион (в просторечии Висса, Вися) или с польским Wisz — гипокористикой от имени Войцех. Однако в русской и белорусской среде форма Вищеня почти не встречается в старых документах как производная от крестильных имён, что делает прозвищную версию предпочтительнее.

Фамилия не принадлежала дворянству или духовенству — типичные суффиксы -ский/-цкий, -ич для этого сословия отсутствуют. Вищеня — фамилия крестьянская или мещанская, возникшая в среде, где прозвище закреплялось за одним родом без изменений. В современных базах она встречается единично, преимущественно в Гомельской и Брестской областях Беларуси, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.

Разбор суффикса даёт ключ к пониманию возраста фамилии: модели на -еня активно формировались в XVI–XVII веках, когда шёл процесс закрепления прозвищ в наследственные фамилии у непривилегированных слоёв. Так что носитель фамилии Вищеня может считать себя потомком человека, которого когда-то выделили либо по голосу, либо по месту жительства на лесной вырубке.