Фамилия Вишковецкая — один из тех случаев, когда женская форма выдаёт географическое или топографическое происхождение рода. В её основе лежит украинское слово «вишка» — «вышка», то есть возвышенность, холм или гора. Первый носитель прозвища Вишковецкий, скорее всего, жил на видном месте, на пригорке, за что и получил такое прозвище. Но есть и вторая, не менее вероятная версия: фамилия могла образоваться от названия населённого пункта — села или деревни Вишково. Такие топонимы встречаются в западноукраинских землях, особенно на Волыни и в Прикарпатье. В этом случае предок был выходцем из Вишкова, а его потомки, переселившись, сохранили память о малой родине в фамилии.

Модель образования типична для украинской и польской ономастики: суффикс -ецк- (в польском варианте -ецк- или -ицк-) указывает на принадлежность к месту. Фамилии на -ский/-цкий в XVII–XIX веках активно носили как шляхта, так и крестьяне, получившие прозвища по месту жительства. В женской форме -ая закрепилась под влиянием русской грамматики, когда фамилия перешла в русскоязычную среду.

Примечательно, что в украинских говорах «вишка» могла означать не только вышку в прямом смысле, но и сторожевую башню, наблюдательный пункт. Если предок нёс такую службу или жил рядом с укреплением, прозвище могло возникнуть и по роду занятий. Однако эта версия менее распространена, чем топографическая или топонимическая.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Вишковский, Вишков, Вишковец — показывает, что все они сходятся к одному корню, но суффикс -ецк- в Вишковецкой подчёркивает именно «выездной» характер: человек «из Вишкова», а не просто живущий на вышке. Поэтому наиболее правдоподобным выглядит происхождение от топонима.

Встречаемость фамилии сегодня невысока, что говорит о её локальном, возможно, даже узкорегиональном бытовании. Основные следы ведут в западные области Украины, а также в южные регионы России, куда переселенцы уходили в XIX — начале XX века.