Фамилия Вишковская — женская форма, образованная от мужской Вишковский. Модель типична для польской и западнорусской (белорусской, украинской) шляхты: суффикс -ский/-цкий указывал на принадлежность к местности или владельческий статус. Носитель такой фамилии — человек из Вишкова или Вишковиц.

Корень «Вишк-» скорее всего восходит к топониму Вишков (или Вишково). Такие названия встречаются в Польше (например, деревня Wiszków в Люблинском воеводстве) и на Западной Украине. Происхождение самого названия — от личного имени Вишко, уменьшительной формы от Вислав (польск. Wiesław) или, реже, от Вишня (польск. wiśnia — «вишня»). Вторая версия менее вероятна: фамилии от названий ягод чаще образовывались с суффиксом -ев/-ов (Вишнёв, Вишневский), а не через -к-.

Особенность фамилии Вишковская — её однозначная географическая привязка к зоне польского влияния. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ин, она указывает на дворянское или мелкошляхетское происхождение. В Российской империи такие фамилии нередко «обрусевали» — писались через «о» вместо польского «ó», теряли мягкость окончания. Если предки носили Вишковскую в XIX веке, они могли быть католиками или униатами, жившими на землях бывшей Речи Посполитой.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её связывают с диалектным «вишка» — верхушка, макушка (в говорах Псковщины и Смоленщины). Тогда прозвище Вишко мог получить высокий человек или тот, кто жил на возвышенности. Но эта гипотеза слабее топонимической: суффикс -ский в русских говорах редко присоединяли к прозвищам, а для польской ономастики это стандарт.

В современной России фамилия редкая, встречается в основном в западных областях — Брянской, Смоленской, Калининградской, а также среди потомков польских переселенцев в Сибири.