Фамилия Вишкина — яркий пример того, как по суффиксу можно безошибочно определить регион происхождения. Окончание -их (в мужском варианте Вишкиных) — классическая северная и сибирская модель фамилии, распространённая в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях и на Урале. В отличие от «великорусских» фамилий на -ов/-ев и -ин, такие фамилии не склонялись и указывали на принадлежность целому роду: «Из дома Вишкиных». Женская форма Вишкина — это не «дочь Вишки», а обычное для фамилий на -их написание в женском роде.

Основа фамилии — прозвище Вишко. Здесь возможны два пути, и первый — самый прямой. В северных говорах «вишкой» могли называть вишнёвое дерево или плод, а переносно — человека с румяными щеками, похожими на вишню. Такие прозвища по внешности давали охотно: если у предка был яркий, «вишнёвый» румянец, его и прозвали Вишкой. Менее очевидная, но лингвистически допустимая версия — связь с древнерусским нецерковным именем Вишко, которое могло быть сокращением от Вишеслав или Виссарион (через народное Виша). В пользу прозвища говорит простота и бытовая логика: называть человека по ягоде проще и естественнее, чем вспоминать редкое календарное имя.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает «растительную» версию. Фамилии Вишнев, Вишняков, Вишнёвский встречаются повсеместно, но их основа — «вишня». Вишкин (и Вишкина) стоит особняком: уменьшительно-ласкательный суффикс -к- характерен для прозвищ, а не для названий деревьев. Если бы предок жил в вишнёвом саду или торговал вишней, его бы назвали Вишнёвым или Вишняком. А Вишка — это личное прозвище, данное за конкретную черту: цвет лица, небольшой рост («вишка» в рязанских говорах — вершок, мера длины) или даже за манеру пищить (от глагола «визжать» в северном произношении).

Носительницы фамилии Вишкина могут с высокой вероятностью искать корни в северных регионах России, в зоне бытования фамилий на -их. Социальный состав таких фамилий был пёстрым: среди «северян» встречались и крестьяне, и посадские люди, и даже священники. Точных сведений о сословной принадлежности первых Вишкиных нет, но архангельские переписи XVII–XVIII веков фиксируют множество однотипных фамилий у черносошных крестьян. Так что, скорее всего, предок Вишкиных — простой крестьянин или ремесленник, которого запомнили по яркой внешности или прозвищу.