Фамилия Вышкин образована от прозвища или нецерковного имени Вышка. В русской ономастике слово «вышка» имело несколько значений. Самое распространенное — «небольшое возвышение», «чердак», «светёлка» или «каланча». Прозвище Вышка могли дать человеку высокого роста, жившему на верхнем этаже или в доме с высокой крышей, либо тому, кто работал на вышке — например, сторожем на пожарной каланче или наблюдателем. Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным «вышка» в значении «баловство», «шалость» — так могли прозвать бойкого или озорного человека.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вышкин буквально означает «сын Вышки» или «человек из рода Вышки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще происходят от основ на твёрдый согласный, -ин закрепился за основами на мягкий или шипящий звук, что и произошло в случае с «Вышк-».

Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда. Наибольшая концентрация носителей исторически фиксируется в центральных и северных областях России — в Ярославской, Костромской, Вологодской губерниях, где слово «вышка» в значении «чердак» или «светёлка» было особенно употребительно. В документах XV–XVII веков, например, в переписных книгах, встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Вышка, но фамилия в современном написании закрепилась позже, в XVIII–XIX веках, вместе с массовым закреплением родовых имён.

Интересная деталь: фамилия Вышкин могла возникнуть независимо в разных семьях. Один предок получил прозвище за рост, другой — за место жительства, третий — за ремесло. Поэтому искать единого «корня» для всех носителей не стоит — это типичный случай полигенеза, когда одинаковые фамилии рождались в разных регионах из сходных бытовых прозвищ.