Фамилия Вышку — редкий случай, когда прозвище сохранилось в исходной форме, почти не изменившись под влиянием стандартных фамильных суффиксов. Обычно русские фамилии заканчиваются на -ов, -ев, -ин или -ский, а здесь мы видим чистую основу, что наводит на мысль о её происхождении в среде, где фамилии закреплялись позже или не по великорусскому образцу. Скорее всего, перед нами украинская, белорусская или польская фамилия, где окончание на -у (Вышку) — не редкость, а указание на форму звательного или винительного падежа в прошлом.

Корень «выш-» связан с высотой, верхом. Прозвище Вышко могли дать человеку высокого роста, долговязому. В говорах «вышка» — не только чердак или наблюдательная площадка, но и верхняя часть чего-либо, макушка. Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от личного имени Вышеслав или его краткой формы Вышко. В древнерусских документах встречаются имена Вышата, Вышко, Выш, образованные от той же основы со значением «высокий, знатный».

Словообразовательный суффикс -к- в прозвище Вышко типичен для уменьшительно-ласкательных или обиходных форм имён и прозвищ в западнорусских землях. Если бы фамилия закрепилась в центральной России, она почти наверняка превратилась бы в Вышков или Вышкин. Форма Вышку могла возникнуть, когда сына называли по отцу в родительном падеже: «чей? — Вышков», но в устной речи окончание усеклось, а письменная фиксация закрепила вариант без падежного показателя. Такое встречается в польской ономастике, где фамилии вроде Вышку (Wyszku) — не редкость.

Географически фамилия тяготеет к западным областям бывшей Речи Посполитой: современные Украина, Беларусь, восток Польши. В российских переписях она почти не встречается, что подтверждает её региональную природу. Носители фамилии — потомки крестьян или мещан, чьи прозвища записывали приходские священники или писцы по живому произношению, не подгоняя под великорусские стандарты.

Точных сведений о древности фамилии нет — в доступных ономастических словарях она не разбирается. Но сама модель (корень + -к- + окончание -у) позволяет уверенно отнести её к группе прозвищных фамилий, образованных от физической приметы предка. Искать корни стоит в метрических книгах Гродненской, Волынской или Минской губерний XIX века.