Фамилия Вышкина — женская форма, мужская — Вышкин. Она образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность, то есть Вышкин буквально означает «чей-то сын» или «чей-то человек». Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Вышка.

Что же такое «Вышка»? В разговорном русском языке это слово имело несколько значений. Самое прямое — уменьшительное от «вышка» (возвышение, башня, чердак). Прозвище Вышка могли дать высокому человеку, долговязому подростку, либо тому, кто жил на верхнем этаже или работал на вышке (например, сторож на каланче, лесной наблюдатель). Второе, не менее вероятное значение — производное от глагола «вышкать» или «вышкивать», что в некоторых говорах означало «выгонять, выпроваживать» или даже «бить». В таком случае прозвище Вышка мог получить человек с резким, вспыльчивым характером, который «вышкивал» неугодных.

Суффикс -ин в фамилии Вышкин указывает на то, что её родоначальник, скорее всего, был из крестьянской или мещанской среды. В дворянских фамилиях чаще встречался суффикс -ов/-ев. Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где слово «вышка» в значении «чердак» или «надстройка» было широко распространено. Интересно, что однокоренная фамилия Вышковский уже указывала бы на происхождение от географического названия (например, деревня Вышки), но простая форма Вышкин — это прямое прозвище, а не топонимическое указание.

Таким образом, предок современных носителей фамилии Вышкины был, вероятно, либо очень высоким и заметным человеком, либо обладал крутым нравом, либо жил на возвышении — в любом случае, прозвище было ярким и запоминающимся.