Фамилия Вишкин — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, в её основе лежит не церковное имя, а прозвище или географическое название.

Первый и самый вероятный путь образования — от прозвища Вишка. В русских говорах «вишкой» могли называть верхушку, макушку, острый конец чего-либо. Человек с таким прозвищем мог быть либо высоким и худым («верхоглядом»), либо обладателем острого ума или языка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вишкин — «сын Вишки», «из семьи Вишки». Эта модель типична для фамилий, образованных от прозвищ с окончанием на -а/-я.

Вторая версия связывает фамилию с уменьшительной формой имени Виссарион. В народе это имя часто сокращали до Вися, а от него уже могли образовать Вишка — по аналогии с Сашка, Мишка. Таким образом, Вишкин мог означать «потомок Виссариона». Эта гипотеза менее вероятна, так как форма Вишка для Виссариона не является общеупотребительной, но полностью исключать её нельзя.

Третья, самая редкая возможность — топонимическое происхождение. В России есть несколько небольших речек и урочищ с названием Вишка (например, в бассейне Ветлуги). В таком случае фамилия могла достаться человеку, переселившемуся с берегов такой речки: «Вишкин» — выходец с Вишки.

Фамилия недворянская, типичная для крестьянского и мещанского сословия центральной России и Поволжья. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении от одного корня в конкретной местности. Однокоренные фамилии — Вишков, Вишняков — имеют другую этимологию и связаны с ягодой, поэтому путать их с Вишкиным не стоит.