Фамилия Вышка — редкий пример, когда слово, ставшее фамилией, не имеет очевидного «человеческого» корня. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или профессий, основа здесь — нарицательное существительное «вышка». Но это не значит, что предки были смотрителями вышек или жили на возвышенности, хотя такие версии существуют.

Скорее всего, фамилия Вышка — это усечённая форма от более длинной фамилии, например, Вышков или Вышкин. В русской ономастике известен процесс «стяжения»: суффиксы -ов/-ев или -ин могли отпасть в просторечии, особенно если фамилия была недворянской и бытовала в крестьянской или мещанской среде. В таком случае исходная фамилия Вышков могла означать «сын Вышка», где Вышко — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Вышеслав или Вышемир (редкие славянские имена с корнем «выш-», то есть «высокий»). Другая возможность: Вышко — прозвище высокого человека.

Есть и более прозаичная версия, связанная с географией. В говорах русского Севера и Сибири «вышкой» называли не только башню, но и чердак, а также отдельную пристройку к дому. Фамилия могла закрепиться за человеком, который жил в такой пристройке или владел ею. Однако эта версия менее вероятна: прозвища по месту жительства обычно давались с предлогами (Задворный, Подгорный), а не просто по названию объекта.

Словообразовательная модель фамилии — нулевая суффиксация. Окончание -а указывает на женский род в современном русском языке, но исторически фамилия могла быть и мужской, и женской, не меняя формы (как, например, фамилия Сорока). В официальных документах XIX века такие фамилии часто склонялись по-разному: «Иван Вышка» и «Марья Вышка». В любом случае, фамилия Вышка — это редкий случай, когда простой предметный корень сохранился без типичных фамильных суффиксов, что делает её непохожей на массовые -овы и -ины.