Фамилия Вышковский принадлежит к распространённому типу польских, украинских и белорусских фамилий, образованных от географических названий с помощью суффикса -ский/-цкий. Суффикс этот указывал на принадлежность к местности или владение ею: первоначально так называли шляхтича, владевшего поместьем Вышково или Вышков, а затем фамилия закрепилась за его потомками, потеряв сословную привязку.

Основа фамилии — топоним Вышков. Такое название носят несколько населённых пунктов: посёлок городского типа в Злынковском районе Брянской области России, село в Ивано-Франковской области Украины и город в Южноморавском крае Чехии. Однако вполне вероятно, что основатель рода Вышковских не был уроженцем одного из этих мест, а просто жил на возвышенности, горе или холме. В славянских языках корень выш- (от «высокий», «высь») прямо указывает на рельеф. Названия вроде Вышково, Вышков, Вышгород давались селениям на пригорках, и прозвище по такому месту жительства могло закрепиться за человеком ещё до того, как он получил фамилию.

Если смотреть на словообразовательную модель, то Вышковский — типичная «географическая» фамилия. Она не содержит уменьшительных или пренебрежительных суффиксов, что говорит о её относительно позднем оформлении (XVII–XVIII века), когда фамилии на -ский уже не обязательно означали дворянство, но сохраняли оттенок «именования по местности». В польской традиции такие фамилии часто писались через -owski (Wyszkowski), и в русском языке они адаптировались с окончанием -ский.

Встречается и вариант написания через «ш» — Вышковский, что соответствует произношению. Родственные фамилии — Вышков, Вышковцев, Вышегородский, Высоцкий — все они отталкиваются от того же корня, но Вышковский сохраняет прямую привязку к конкретному топониму или прозвищу. Если предок носителя фамилии был крестьянином или казаком, фамилия могла закрепиться за ним при переписи населения по месту жительства: «Иван, из села Вышкова, значит — Вышковский».