Фамилия Вышковские относится к группе фамилий, образованных от названия местности, — так называемых топонимических фамилий. Основатель рода мог получить это прозвание, переселившись из села или города Вышков, либо просто живя на видном возвышенном месте. В славянской традиции корень «выш-» (от «высокий») часто связывали с холмом, горой или высоким берегом реки, поэтому прозвище Вышковский могло закрепиться за человеком, чей дом стоял на пригорке.

Несколько населенных пунктов с названием Вышков действительно существуют: посёлок городского типа в Злынковском районе Брянской области России, село в Ивано-Франковской области Украины и город в Южноморавском крае Чехии. Однако маловероятно, что все носители фамилии происходят из одного конкретного места — скорее, в разных регионах прозвище возникало независимо, по одному и тому же принципу.

Фамилия оформлена типичным для польской и западнорусской традиции суффиксом -ский, который первоначально указывал на принадлежность к местности или владение ею. В восточнославянской среде такие фамилии часто получали дворяне и духовенство, но со временем они распространились и среди других сословий.

Точное время возникновения фамилии Вышковские установить трудно: процесс закрепления фамилий растянулся на несколько столетий, и в разных ветвях рода он мог происходить в разное время. В письменных источниках фамилия встречается с XIX века, преимущественно на территориях современной Беларуси и западных областей России.

Если отбросить очевидную топонимическую версию, стоит рассмотреть и редкую возможность связи с древнерусским словом «вышка» — сторожевая башня или чердак. В этом случае прозвище мог получить человек, живший в башне или при крепости, но эта гипотеза менее обоснована.