Фамилия Вышковський — характерный пример украинской фамилии, образованной по географическому принципу. Её основа — топоним Вышков (или Вышково), а суффикс -ський указывает на связь с местностью, откуда родом человек. В польской и украинской традиции такие фамилии присваивались дворянам, шляхте или просто переселенцам, получившим прозвище по названию родного села или города.

Корень фамилии — «вышк-», который восходит либо к слову «высокий» (через форму «вышок» или «вышка»), либо к древнерусскому «вышь» — высота. В украинской топонимике несколько сёл с названием Вышков: в Ивано-Франковской, Львовской, Черновицкой областях. Также есть село Вышково в Хмельницкой области. Носитель фамилии Вышковський, скорее всего, происходил из одного из этих населённых пунктов, либо его предки владели землёй при таком поселении.

Модель образования типична для украинской ойконимической фамилии: к названию места прибавляли суффикс -ський (-ский). В русском языке аналог — фамилия Вышковский, но украинское написание через «о» (Вышковський) сохраняет местный произносительный вариант. Иногда встречается вариант Вышківський, что связано с чередованием «о/і» в украинском языке.

Спорных версий происхождения мало. Иногда корень связывают с прозвищем «Вышко» — уменьшительной формой от имени Вышеслав или Вышемир, но это менее вероятно: суффикс -ський редко крепится к личным именам без топонима. Правдоподобнее всего, что фамилия — чисто географическая, как и большинство украинских фамилий на -ський.

В сословном плане фамилия могла принадлежать как мелкой шляхте, так и крестьянам, получившим фамилию при переписи по месту жительства. Точных данных о дворянстве Вышковських в открытых источниках нет, но сама модель образования допускает шляхетское происхождение.