Фамилия Вишкякова — редкий пример, в котором сочетаются нерусская основа и русский суффикс принадлежности. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать слово по частям и отбросить окончание. Основа здесь — «Вишкяк», а суффикс «-ов» указывает на то, что фамилия образована от имени или прозвища отца: «чей?» — Вишкяков, то есть сын или потомок Вишкяка.

Самая правдоподобная версия ведёт к литовскому или жемайтскому корню. В литовском языке есть слово «viškià» (с ударением на последний слог) — «свинья», а также уменьшительная форма «viškiùkas» (поросёнок). Прозвище Вишкяк могло быть дано человеку за внешнее сходство (крупное телосложение, румянец) или за особенности характера (упрямство, нечистоплотность). Суффикс «-як» в восточнославянских фамилиях часто передавал иноязычные окончания или просто русифицировал литовскую основу. В пользу этой версии говорит и география: фамилия Вишкяков (и её варианты) встречается в основном на северо-западе России, в Псковской и Ленинградской областях, а также в Литве и Латвии — именно там веками жили смешанные русско-литовские общины.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских диалектах «виш» означает «плод», а «кяк» — уменьшительный суффикс. Однако для фамилии с таким ареалом бытования эта версия выглядит искусственной: нет ни исторических миграций тюркских групп в эти края, ни подтверждений в ономастических справочниках. Её можно отбросить как натянутую.

Интересна и форма фамилии: окончание «-а» (Вишкякова) — женский вариант, но в разговорной речи или в документах часто встречается и мужская форма Вишкяков. Редкость фамилии (в современных базах данных — единицы носителей) говорит о том, что род был немногочисленным или фамилия возникла поздно, в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами западных губерний Российской империи. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.